Kiểm toán báo cáo quyết toán dự án hoàn thành là hoạt động bắt buộc nhằm đánh giá tính trung thực, minh bạch và tuân thủ quy định pháp luật trong toàn bộ quá trình sử dụng vốn đầu tư. Đối với doanh nghiệp và người bán hàng tham gia cung ứng vật tư, thiết bị hoặc dịch vụ, hiểu rõ thủ tục kiểm toán báo cáo quyết toán dự án không chỉ giúp khẳng định hiệu quả kinh tế mà còn bảo vệ uy tín trước các cơ quan quản lý. Từ việc soát xét hợp đồng, hóa đơn, đến xác minh công nợ và tài sản hình thành trong dự án, mỗi khâu đều cần thực hiện theo đúng quy trình, đảm bảo không bỏ sót rủi ro tiềm ẩn.

Căn cứ pháp lý và cơ sở hình thành quy trình

Mọi hoạt động kiểm toán báo cáo quyết toán dự án hoàn thành đều phải tuân thủ Quyết định số 314/2016/QĐ‑BTC ngày 14/11/2016 của Bộ Tài chính ban hành “Chương trình kiểm toán mẫu và hướng dẫn thực hiện kiểm toán báo cáo quyết toán dự án đầu tư xây dựng cơ bản”. Đây chính là văn bản nền tảng, quy định chi tiết từng bước trong quy trình kiểm toán: từ khảo sát hồ sơ, xác định phạm vi, thu thập chứng từ, thực hiện thủ tục kiểm toán đến đánh giá kết quả và soạn thảo báo cáo. Trong đó, Phần thứ hai của Quyết định 314 dành hẳn một mục phân loại rủi ro trọng yếu và yêu cầu kiểm toán viên xây dựng chương trình chi tiết cho mỗi dự án theo mức độ rủi ro xác định được.

Xem thêm bài viết: Dịch vụ Kiểm toán quyết toán dự án hoàn thành

Bên cạnh đó, khung pháp lý cho hoạt động này được hoàn thiện bởi Luật Đầu tư công (số 49/2014/QH13, sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 39/2019/QH14), Luật Ngân sách nhà nước (số 83/2015/QH13) và Luật Kiểm toán nhà nước (số 31/2015/QH13). Luật Đầu tư công quy định rõ thẩm quyền phê duyệt chủ trương đầu tư, thẩm định dự án, phê duyệt dự toán và giám sát thực hiện; Luật Ngân sách nhà nước ấn định nguyên tắc cung cấp, giải ngân, quản lý và quyết toán vốn đầu tư công; còn Luật Kiểm toán nhà nước khẳng định quyền và trách nhiệm của Kiểm toán nhà nước trong việc kiểm tra, đánh giá và công bố kết quả kiểm toán dự án. Sự kết hợp này bảo đảm mỗi khoản chi, mỗi hồ sơ nghiệm thu đều có căn cứ pháp lý vững chắc, đồng thời tạo ra cơ chế ràng buộc chéo, tránh lỗ hổng khi bàn giao, nghiệm thu và quyết toán.

Ngoài các văn bản luật, nhiều thông tư hướng dẫn cũng đóng vai trò then chốt trong việc cụ thể hoá quy trình. Điển hình là Thông tư 77/2015/TT‑BTC hướng dẫn quản lý, sử dụng và quyết toán vốn đầu tư xây dựng cơ bản từ nguồn ngân sách nhà nước; Thông tư 09/2016/TT‑BTC hướng dẫn nghiệp vụ kiểm toán ngân sách nhà nước; Thông tư 61/2019/TT‑BTC quy định về hồ sơ, chứng từ kế toán trong doanh nghiệp có sử dụng vốn nhà nước hoặc vốn vay ưu đãi. Qua những thông tư này, kiểm toán viên có thể xác định chính xác mẫu biểu phải thu thập, tiêu chí chấp nhận chứng từ và cách thức xử lý các trường hợp sai lệch, chồng chéo giữa các nguồn vốn. Đối với doanh nghiệp và các bên liên quan, nắm vững từng Thông tư, từng Điều khoản của Luật sẽ giúp quá trình phối hợp cung cấp hồ sơ thuận lợi, không bị lúng túng khi gặp yêu cầu kiểm tra hoặc đối chất từ kiểm toán viên.

Lập kế hoạch kiểm toán: nền tảng cho mọi khâu tiếp theo

Việc lập kế hoạch kiểm toán báo cáo quyết toán dự án chính là bước khởi đầu quyết định toàn bộ chất lượng và hiệu quả của cuộc kiểm toán. Ngay sau khi nhận ủy nhiệm, đội kiểm toán thường tổ chức một buổi làm việc sơ bộ với chủ đầu tư hoặc đơn vị dự án, nhằm thu thập nhanh các tài liệu cơ bản nhất: báo cáo tổng mức đầu tư đã được phê duyệt, quyết định giao vốn, tiến độ thi công được ký kết giữa các bên, cùng danh mục hợp đồng xây dựng, hợp đồng cung ứng vật tư, biên bản nghiệm thu từng giai đoạn. Tại buổi làm việc này, kiểm toán viên cũng đề xuất “danh sách yêu cầu chứng từ” (request list) chi tiết, trong đó liệt kê rõ thời gian cung cấp hồ sơ, người chịu trách nhiệm tại đơn vị, nhằm tránh tình trạng doanh nghiệp phải “chạy đôn chạy đáo” bổ sung gấp tài liệu khi buổi kiểm toán thực địa sắp diễn ra.

Tiếp đó, kiểm toán viên tiến hành đánh giá sơ bộ rủi ro bằng cách phân tích những yếu tố có thể gây sai lệch trọng yếu. Ví dụ, nếu dự án đã kéo dài quá thời gian cam kết, rủi ro về phạt chậm tiến độ và chi phí phát sinh ngoài dự toán sẽ được xếp vào nhóm “rủi ro cao”, buộc kế hoạch kiểm toán phải dành thêm nguồn lực để kiểm tra biên bản nghiệm thu muộn, xác thực các điều khoản hợp đồng về phạt vi phạm. Ngược lại, với khoản mục mua sắm thiết bị có hóa đơn điện tử rõ ràng, đơn giá thị trường ổn định, rủi ro được đánh giá là “thấp” và đội kiểm toán có thể duyệt nhanh các chứng từ liên quan. Kết quả phân loại rủi ro này được ghi lại trong “ma trận rủi ro” (risk matrix) — một phần không thể thiếu trong chương trình kiểm toán, vì nó xác định cường độ và trọng số cho từng thủ tục cụ thể.

Trên cơ sở ma trận rủi ro, kiểm toán viên xây dựng chương trình kiểm toán chi tiết, phân chia nhiệm vụ cho từng thành viên trong nhóm: ai chịu trách nhiệm xác minh hợp đồng; ai sẽ thực hiện kiểm kê thực tế tài sản cố định; ai tập trung vào rà soát sổ chi tiết khấu hao và phân bổ chi phí. Mỗi thủ tục được gắn với một khoảng thời gian cụ thể trong lịch trình — ví dụ, tuần đầu tiên dành cho rà soát hồ sơ tại văn phòng; tuần thứ hai diễn ra tại công trường để kiểm kê, đo đạc tài sản dở dang; tuần cuối cùng tổng hợp kết quả, làm việc với đơn vị để giải trình các sai sót và hoàn thiện biên bản kiểm toán. Việc xác lập lịch trình chi tiết không chỉ giúp doanh nghiệp sắp xếp công việc nội bộ mà còn đảm bảo kiểm toán viên có đủ thời gian để phân tích, đối chiếu từng chứng từ mà không phải gấp gáp trong những ngày sát deadline.

Cuối cùng, kế hoạch kiểm toán luôn bao gồm mục “giao lưu, trao đổi” giữa kiểm toán viên và lãnh đạo đơn vị dự án sau mỗi giai đoạn kiểm tra. Đây là dịp để làm rõ những điểm chưa nhất quán, yêu cầu bổ sung tài liệu còn thiếu và thảo luận phương án xử lý sai sót ngay tại chỗ. Nhờ vậy, khi bước vào giai đoạn soạn thảo báo cáo kết luận, nhóm kiểm toán đã có một nền tảng thông tin đầy đủ, đa chiều và một quy trình làm việc chặt chẽ, giúp rút ngắn thời gian hoàn thành kiểm toán và nâng cao độ tin cậy của kết quả.

Kiểm tra tính hợp pháp và tính hợp lý của chi phí đầu tư

Trong thủ tục kiểm toán báo cáo quyết toán dự án, bước đánh giá chi phí đầu tư đóng vai trò quan trọng nhất vì nó phản ánh trực tiếp số tiền đã chi cho các công việc, hạng mục công trình. Kiểm toán viên sẽ tiến hành so sánh khối lượng nghiệm thu thực tế với khối lượng đã ký kết trong hợp đồng. Trước hết, toàn bộ hợp đồng xây lắp hoặc hợp đồng cung cấp vật tư, thiết bị được rà soát để đảm bảo các điều khoản thanh toán, điều chỉnh khối lượng, đơn giá phát sinh (nếu có) đã được phê duyệt. Tiếp theo, biên bản nghiệm thu chất lượng và khối lượng công việc là căn cứ để đối chiếu với hóa đơn và phiếu chi thanh toán. Mọi khoản chi không có biên bản nghiệm thu tương ứng sẽ bị truy xuất để doanh nghiệp bổ sung hoặc giải trình.

Pháp luật quy định hóa đơn GTGT phải thể hiện đầy đủ tên, địa chỉ, mã số thuế của bên bán và bên mua, ngày tháng phát hành, nội dung, đơn giá, số lượng cũng như tổng tiền thanh toán. Trong thực tế, không ít doanh nghiệp gặp phải tình huống hóa đơn phát hành chậm so với ngày nghiệm thu, dẫn đến tranh cãi về thời điểm hạch toán. Trong những trường hợp như vậy, kiểm toán viên sẽ yêu cầu doanh nghiệp cung cấp hợp đồng điện tử hoặc biên bản điều chỉnh ngày phát hành hóa đơn, đồng thời căn cứ vào quy định hướng dẫn của Tổng cục Thuế để xác định tính hợp lệ.

Việc đánh giá tính hợp lý của chi phí mua nguyên vật liệu hoặc thuê máy móc, thiết bị cũng đòi hỏi phải so sánh với bảng giá thị trường hoặc mức định mức đã ban hành. Nếu đơn giá vượt quá khung quy định, doanh nghiệp cần có văn bản phê duyệt của cấp có thẩm quyền hoặc thỏa thuận đàm phán bổ sung. Ngược lại, nếu đơn giá thấp hơn mức thông thường, kiểm toán viên có thể yêu cầu giải trình cơ sở xác định giá, nhằm tránh nghi ngờ về việc khai khống khối lượng hoặc giảm chất lượng để cắt giảm chi phí.

Kiểm toán tài sản cố định và tài sản dở dang

Sau khi hoàn thành đánh giá chi phí đầu tư, kiểm toán báo cáo quyết toán dự án tiếp tục với công tác xác minh tài sản cố định phát sinh từ dự án. Mục tiêu là kiểm kê thực tế, đối chiếu với sổ sách kế toán và hồ sơ bàn giao. Thông qua biên bản nghiệm thu, biên bản bàn giao tài sản, kiểm toán viên xác nhận tài sản đã được đưa vào sử dụng đúng quy định. Sổ chi tiết tài sản cố định cần phải thể hiện rõ thời điểm tiếp nhận, nguyên giá, thời gian sử dụng hữu ích và phương pháp khấu hao. Trường hợp phát hiện thiếu sổ chi tiết hoặc mất biên bản nghiệm thu, kiểm toán viên sẽ kiến nghị doanh nghiệp lập lại biên bản hoặc xác nhận trách nhiệm, đồng thời cập nhật bổ sung sổ sách sao cho khớp với thực tế.

Với tài sản dở dang, giá trị công trình, hạng mục chưa hoàn thiện tại thời điểm quyết toán cần được ước tính chính xác. Kiểm toán viên yêu cầu doanh nghiệp lập bảng phân tích chi tiết chi phí đã phát sinh, kèm theo biên bản nghiệm thu công việc dở dang. Việc ước tính sai giá trị tài sản dở dang dễ dẫn đến chênh lệch lớn giữa báo cáo quyết toán và báo cáo tài chính, gây ảnh hưởng đến kết quả kinh doanh của doanh nghiệp. Trong trường hợp khấu hao hoặc trích lập dự phòng cho tài sản dở dang không phù hợp, kiểm toán viên sẽ tính toán lại theo quy định và đề xuất điều chỉnh trình cấp có thẩm quyền phê duyệt.

Đánh giá việc phân bổ chi phí: khấu hao, dự phòng và phạt chậm tiến độ

Công tác phân bổ chi phí đóng vai trò quyết định trong việc xác định đúng lợi nhuận và chi phí thực tế của dự án. Đầu tiên, phương pháp khấu hao đường thẳng hoặc giảm dần cần được rà soát so với thời gian sử dụng hữu ích đã phê duyệt. Kiểm toán viên sẽ tính lại số khấu hao lũy kế từ khi tài sản đưa vào sử dụng đến thời điểm hoàn thành dự án, đối chiếu với số khấu hao đã ghi nhận trong sổ kế toán. Mỗi sai lệch dù nhỏ cũng có thể tích lũy thành chênh lệch lớn, ảnh hưởng đến kết quả quyết toán.

Bên cạnh đó, các khoản dự phòng như chi phí bảo trì, chi phí rủi ro cũng phải tuân theo tỷ lệ trích lập đã được cơ quan thẩm định phê duyệt. Nếu doanh nghiệp trích dự phòng vượt quá mức cho phép, kiểm toán viên sẽ đề xuất điều chỉnh, hoàn nhập số dự phòng không cần thiết. Ngược lại, nếu chưa trích đủ, doanh nghiệp cần bổ sung quy trình trình cấp có thẩm quyền điều chỉnh.

Trường hợp hợp đồng có quy định phạt chậm tiến độ, mọi biên bản nghiệm thu muộn cần được tập hợp để tính toán số tiền phạt phát sinh. Số tiền phạt này phải được hạch toán và khấu trừ vào tiền thanh toán, đảm bảo doanh nghiệp không chịu thiệt do chậm bàn giao công trình. Kiểm toán viên sẽ đối chiếu chặt chẽ giữa quy định hợp đồng và biên bản nghiệm thu để tránh tình trạng doanh nghiệp “lọt” khoản phạt khi quyết toán.

Xác minh công nợ và thu nhập dự án

Phần cuối cùng trong chuỗi thủ tục kiểm toán báo cáo quyết toán dự án là xác minh công nợ phải thu, công nợ phải trả cũng như các khoản thu nhập phát sinh. Kiểm toán viên lập bảng tổng hợp chi tiết các khoản phải thu đến thời điểm quyết toán, bao gồm số tiền thanh toán của chủ đầu tư và các khoản tạm ứng, ứng trước với nhà thầu, nhà cung cấp. Việc xác minh căn cứ vào hợp đồng, biên bản bàn giao và phiếu thu. Nếu tồn đọng lớn, doanh nghiệp buộc phải trích lập dự phòng nợ xấu. Ngược lại, công nợ phải trả được so sánh với hợp đồng cung ứng, biên bản nghiệm thu, hóa đơn và phiếu chi.

Với thu nhập phát sinh từ dự án, ví dụ như việc thanh lý tài sản, bồi thường bảo hiểm hoặc hỗ trợ khác, kiểm toán viên sẽ kiểm tra phiếu thu, biên lai và văn bản quyết toán của cơ quan bảo hiểm. Mọi khoản thu này cần ghi nhận đầy đủ và đúng kỳ kế toán, tránh bỏ sót dẫn đến chênh lệch số liệu giữa báo cáo quyết toán và báo cáo tài chính.

Mô phỏng quy trình kiểm toán mẫu theo Quyết định 314

Quyết định 314/2016/QĐ-BTC quy định năm bước chính trong chương trình kiểm toán mẫu, bao gồm khảo sát ban đầu, lập kế hoạch, thực hiện kiểm toán, đánh giá kết quả và lập báo cáo. Trong thực tiễn, sau khi khảo sát sơ bộ và thu thập hồ sơ, kiểm toán viên xây dựng chương trình chi tiết, trong đó ghi rõ thủ tục kiểm toán báo cáo quyết toán dự án gồm việc kiểm tra chi phí đầu tư, xác minh tài sản, phân bổ chi phí và xác minh công nợ – thu nhập. Tiếp theo, từng thủ tục được thực hiện thông qua việc đối chiếu chứng từ gốc, xác minh thực tế và xử lý sai sót. Cuối cùng, kết quả kiểm toán được tổng hợp thành báo cáo, kèm theo kiến nghị hoàn thiện quy trình kiểm soát nội bộ.

Giải pháp khắc phục sai sót thường gặp

Sai sót trong báo cáo quyết toán dự án thường xuất phát từ việc thiếu hoặc sai lệch chứng từ nghiệm thu, khấu hao, phân bổ chi phí hoặc công nợ. Để ngăn ngừa, doanh nghiệp cần xây dựng quy trình nội bộ chặt chẽ, trong đó quy định trách nhiệm ghi chép, lưu trữ và đối chiếu chứng từ. Việc áp dụng phần mềm quản lý dự án tích hợp với hệ thống kế toán giúp tự động ghi nhận khối lượng, đơn giá và cảnh báo khoản mục chưa đủ chứng từ. Đào tạo đội ngũ kế toán – kiểm toán nội bộ về Quyết định 314 và các luật liên quan cũng là bước quan trọng để nâng cao nhận thức và trình độ chuyên môn.

Kết luận

Thủ tục kiểm toán báo cáo quyết toán dự án hoàn thành, từ kiểm tra tính hợp pháp của chi phí đầu tư, xác minh tài sản cố định và tài sản dở dang, đánh giá phân bổ chi phí đến xác minh công nợ – thu nhập, đều đòi hỏi tuân thủ chặt chẽ quy định pháp luật và quy trình kiểm toán mẫu. Đối với doanh nghiệp và người bán hàng, việc nắm vững từng khâu không chỉ giúp đạt được quyết toán suôn sẻ mà còn bảo vệ uy tín, tối ưu hiệu quả sử dụng vốn. Bằng cách áp dụng đầy đủ quy trình theo Quyết định 314, xây dựng hệ thống kiểm soát nội bộ, và tận dụng công cụ quản lý tự động, mọi rủi ro sẽ được phát hiện và xử lý kịp thời, góp phần nâng cao năng lực cạnh tranh trên thị trường.

Bên cạnh đó, người đọc có thể liên hệ MAN – Master Accountant Network để nhận trao đổi và tư vấn nghiệp vụ giúp giải quyết các vấn đề nhanh chóng và chính xác thông qua:

• Mobile / Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
• Email: man@man.net.vn