Nghị định 254/2025/NĐ-CP ban hành ngày 26/09/2025 là văn bản pháp lý quan trọng nhất hiện nay điều chỉnh việc quản lý, thanh toán và quyết toán dự án sử dụng vốn đầu tư công. Trong bối cảnh các quy định về quản lý tài chính ngày càng siết chặt, việc thực hiện kiểm toán quyết toán dự án hoàn thành đúng quy trình không chỉ giúp minh bạch hóa số liệu mà còn giúp chủ đầu tư tránh được các rủi ro pháp lý hậu kiểm. Bài viết này sẽ cung cấp cái nhìn toàn diện về lộ trình thực hiện kiểm toán và những điểm mới cần lưu ý trong giai đoạn 2026 theo Nghị định 254/2025/NĐ-CP.

Vai trò của kiểm toán trong quyết toán dự án hoàn thành

Hoạt động kiểm toán báo cáo quyết toán là khâu then chốt nhằm xác tra tính đúng đắn, hợp lý của các khoản chi phí đầu tư. Theo Nghị định 254/2025/NĐ-CP, kết quả kiểm toán là cơ sở quan trọng để cơ quan thẩm tra rà soát và trình cấp có thẩm quyền phê duyệt quyết toán vốn đầu tư.

Quá trình này mang lại sự đảm bảo cho các bên liên quan thông qua các hoạt động quy định tại Nghị định 254/2025/NĐ-CP:

• Đánh giá tính tuân thủ các quy định pháp luật về đầu tư xây dựng, đấu thầu và hợp đồng của dự án.
• Xác định chính xác giá trị quyết toán thực tế, loại bỏ các sai sót trong tính toán khối lượng hoặc áp dụng sai đơn giá.
• Hỗ trợ chủ đầu tư giải trình các vấn đề phát sinh với cơ quan quản lý nhà nước một cách chuyên nghiệp.

Tại MAN – Master Accountant Network, chúng tôi nhận thấy nhiều chủ đầu tư thường gặp khó khăn trong việc đối chiếu số liệu giữa thực tế thi công và hồ sơ pháp lý theo Nghị định 254/2025/NĐ-CP, dẫn đến thời gian quyết toán bị kéo dài do thiếu sự thống nhất ngay từ khâu tập hợp chứng từ.

Quy định thuê kiểm toán độc lập theo Nghị định 254/2025/NĐ-CP

Nghị định 254/2025/NĐ-CP quy định cụ thể danh mục các dự án bắt buộc phải thực hiện kiểm toán báo cáo quyết toán trước khi trình thẩm tra. Việc này nhằm nâng cao tính tự chịu trách nhiệm của chủ đầu tư và chất lượng của hồ sơ quyết toán theo khung pháp lý của Nghị định 254/2025/NĐ-CP.

Nhóm dự án bắt buộc thực hiện kiểm toán độc lập

Việc xác định dự án có thuộc diện bắt buộc thuê tư vấn kiểm toán hay không căn cứ vào quy mô và nguồn vốn được nêu rõ trong Nghị định 254/2025/NĐ-CP. Cụ thể bao gồm:

• Dự án quan trọng quốc gia và các dự án nhóm A sử dụng vốn đầu tư công theo quy định của Luật Đầu tư công.
• Dự án có tổng mức đầu tư từ 15 tỷ đồng trở lên, trừ các trường hợp dự án thuộc bí mật nhà nước.
• Các dự án thành phần hoặc tiểu dự án có quyết định đầu tư riêng biệt và vận hành độc lập.

Yêu cầu đối với đơn vị thực hiện kiểm toán quyết toán dự án hoàn thành

Đơn vị kiểm toán được lựa chọn phải là doanh nghiệp kiểm toán độc lập đáp ứng đầy đủ các tiêu chuẩn về năng lực hành nghề theo quy định của Bộ Tài chính và tinh thần của Nghị định 254/2025/NĐ-CP. Nội dung kiểm toán phải bao quát toàn bộ các khía cạnh từ nguồn vốn, chi phí đầu tư thực hiện đến các khoản nợ và giá trị tài sản bàn giao.

Quy trình và hồ sơ kiểm toán theo chuẩn Nghị định 254/2025/NĐ-CP

Để báo cáo kiểm toán đạt chất lượng và được cơ quan thẩm tra chấp thuận, chủ đầu tư cần chuẩn bị hệ thống hồ sơ quyết toán vốn đầu tư một cách khoa học. Sự phối hợp chặt chẽ giữa ban quản lý dự án và các đơn vị có chuyên môn sâu như MAN – Master Accountant Network sẽ giúp tối ưu hóa thời gian kiểm tra và thẩm tra hồ sơ theo Nghị định 254/2025/NĐ-CP. Việc triển khai kiểm toán quyết toán dự án hoàn thành cần được thực hiện ngay khi dự án kết thúc để đảm bảo tiến độ.

Danh mục hồ sơ pháp lý và tài chính cần thiết

Chủ đầu tư cần hệ thống hóa các nhóm tài liệu sau đây để phục vụ công tác kiểm toán, đặc biệt lưu ý các biểu mẫu mới như Mẫu số 01/QTDT ban hành kèm theo Nghị định 254/2025/NĐ-CP:

• Hồ sơ chuẩn bị đầu tư: Quyết định phê duyệt dự án, báo cáo nghiên cứu khả thi, văn bản phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu.
• Hồ sơ thực hiện dự án: Hợp đồng xây lắp, biên bản nghiệm thu khối lượng hoàn thành, bản vẽ hoàn công và các chứng từ thanh toán.
• Hồ sơ kết thúc xây dựng: Biên bản nghiệm thu bàn giao công trình đưa vào sử dụng, quyết định phê duyệt dự toán phát sinh (nếu có) và báo cáo quyết toán theo mẫu quy định tại Nghị định 254/2025/NĐ-CP.

Trình tự thực hiện kiểm toán và thẩm tra quyết toán

Dưới đây là bảng tổng hợp tiến độ và thời gian quy định cho công tác quyết toán nhằm giúp các đơn vị chủ động trong việc lập kế hoạch thực hiện theo đúng Nghị định 254/2025/NĐ-CP.

Lưu ý: Thời gian thực hiện kiểm toán độc lập nằm trong tổng thời gian lập hồ sơ quyết toán của chủ đầu tư. Do đó, việc thuê đơn vị kiểm toán sớm là yếu tố quyết định để đảm bảo không vi phạm thời hạn quy định tại Nghị định 254/2025/NĐ-CP.

Phối hợp kết quả giữa kiểm toán Nhà nước và kiểm toán độc lập

Một điểm mới quan trọng tại Nghị định 254/2025/NĐ-CP là cơ chế kế thừa kết quả kiểm toán. Nếu dự án đã được Kiểm toán Nhà nước thực hiện và có báo cáo kiểm toán với đầy đủ nội dung theo quy định, cơ quan thẩm tra sẽ sử dụng kết quả này làm căn cứ trực tiếp mà không cần thuê thêm kiểm toán độc lập cho các phần nội dung đã được kiểm tra theo hướng dẫn của Nghị định 254/2025/NĐ-CP.

Trong trường hợp có sự khác biệt giữa các báo cáo, chủ đầu tư cần chủ động phối hợp với các đơn vị tư vấn chuyên môn để giải trình và làm rõ nguyên nhân chênh lệch, đảm bảo quyền lợi hợp pháp của dự án trước khi phê duyệt quyết toán cuối cùng.

Định mức chi phí kiểm toán quyết toán dự án hoàn thành

Chi phí thuê kiểm toán được xác định dựa trên tỷ lệ phần trăm của tổng mức đầu tư hoặc dự toán được duyệt. Đây là khoản chi phí thuộc vốn đầu tư của dự án và được quyết toán vào giá trị công trình theo Nghị định 254/2025/NĐ-CP.

Việc tính toán chi phí cần lưu ý các vấn đề sau:

• Căn cứ vào định mức quy định tại phụ lục của Nghị định 254/2025/NĐ-CP để xác định giá trị hợp đồng kiểm toán.
• Đối với các dự án thực hiện tại vùng sâu vùng xa hoặc có tính chất đặc thù, chi phí có thể được điều chỉnh theo hệ số quy định trong Nghị định 254/2025/NĐ-CP.
• Chi phí kiểm toán chỉ được thanh toán sau khi đơn vị kiểm toán phát hành báo cáo chính thức và được chủ đầu tư nghiệm thu.

Những lưu ý quan trọng về điều khoản chuyển tiếp và xử lý nợ

Năm 2026 là thời điểm quan trọng để áp dụng triệt để các quy định về xử lý chuyển tiếp của Nghị định 254/2025/NĐ-CP. Các dự án đã nộp hồ sơ quyết toán trước ngày Nghị định 254/2025/NĐ-CP có hiệu lực vẫn tiếp tục thực hiện theo quy định cũ, trừ khi chủ đầu tư chủ động đề nghị áp dụng quy định mới để thuận lợi hơn.

Một số lưu ý điển hình được MAN – Master Accountant Network đúc kết từ Nghị định 254/2025/NĐ-CP:

• Tất toán các khoản nợ: Phải thực hiện thu hồi các khoản tạm ứng quá hạn và thanh toán dứt điểm nợ phải trả cho nhà thầu trước khi nộp hồ sơ quyết toán.
• Kiểm tra tính hợp lệ của hóa đơn: Đảm bảo hóa đơn điện tử phải khớp với thời điểm nghiệm thu và giá trị thanh toán thực tế.
• Cập nhật định mức: Kịp thời cập nhật các văn bản hướng dẫn mới về định mức xây dựng để tránh việc bị cơ quan kiểm toán loại bỏ chi phí do áp dụng định mức cũ lạc hậu so với Nghị định 254/2025/NĐ-CP.

Giải đáp thắc mắc về kiểm toán theo Nghị định 254/2025/NĐ-CP

Dưới đây là một số tình huống thực tế thường gặp trong quá trình tất toán hồ sơ công trình hoàn thành năm 2026 dựa trên Nghị định 254/2025/NĐ-CP.

Kết luận

Nghị định 254/2025/NĐ-CP đã tạo ra hành lang pháp lý minh bạch và chặt chẽ hơn cho công tác quyết toán vốn đầu tư công. Việc nắm vững các quy định về kiểm toán quyết toán dự án hoàn thành là trách nhiệm và cũng là quyền lợi của chủ đầu tư để đảm bảo dòng vốn được tất toán đúng hạn, tránh lãng phí nguồn lực xã hội. Trong lộ trình triển khai năm 2026, sự đồng hành của các đơn vị tư vấn chuyên sâu sẽ giúp quý đối tác tối ưu hóa quy trình hồ sơ và nâng cao tính an toàn tài chính cho mọi dự án đầu tư theo Nghị định 254/2025/NĐ-CP.

Thông tin liên hệ MAN – Master Accountant Network

• Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
• Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
• Email: ma*@*****et.vn

Phụ trách sản xuất nội dung bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong ngành Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính.