Thông tư 09/2026/TT-BYT là văn bản mới của Bộ Y tế quy định việc phân cấp thẩm quyền phê duyệt báo cáo kinh tế – kỹ thuật đầu tư xây dựng và quyết toán dự án hoàn thành đối với các nhiệm vụ sửa chữa, cải tạo, nâng cấp, mở rộng hoặc xây dựng mới hạng mục công trình trong phạm vi quản lý của Bộ Y tế. Quy định này tác động trực tiếp đến hoạt động quản lý đầu tư công, quyết toán công trình và kiểm toán xây dựng tại các đơn vị y tế công lập.

Trong bối cảnh nhu cầu sửa chữa, cải tạo cơ sở hạ tầng y tế ngày càng tăng, việc ban hành Thông tư 09/2026/TT-BYT được xem là bước điều chỉnh quan trọng nhằm tăng tính chủ động cho các đơn vị trực thuộc Bộ Y tế, đồng thời nâng cao trách nhiệm quản lý chi phí đầu tư xây dựng và kiểm soát quyết toán sau hoàn thành công trình.

Thông tư 09/2026/TT-BYT là gì?

Thông tư 09/2026/TT-BYT được Bộ Y tế ban hành ngày 14/5/2026 và có hiệu lực từ ngày 29/6/2026. Nội dung trọng tâm của thông tư là phân cấp thẩm quyền phê duyệt báo cáo kinh tế – kỹ thuật đầu tư xây dựng và quyết toán dự án hoàn thành đối với các nhiệm vụ sửa chữa, cải tạo, nâng cấp hoặc xây dựng mới trong phạm vi quản lý của Bộ Y tế.

Thông tư này được xây dựng dựa trên các căn cứ pháp lý quan trọng như Luật Tổ chức Chính phủ, Nghị định 254/2025/NĐ-CP về quản lý, thanh toán và quyết toán dự án sử dụng vốn đầu tư công, cùng Nghị định 104/2026/NĐ-CP liên quan đến quản lý và sử dụng chi thường xuyên.

Việc ban hành Thông tư 09/2026/TT-BYT cho thấy xu hướng đẩy mạnh cơ chế phân cấp trong quản lý đầu tư xây dựng công trình y tế. Thay vì phụ thuộc hoàn toàn vào cơ quan cấp trên, các đơn vị trực thuộc sẽ được trao quyền chủ động hơn trong quá trình phê duyệt và triển khai dự án.

Mục tiêu ban hành của Thông tư 09/2026/TT-BYT

Mục tiêu chính của Thông tư 09/2026/TT-BYT là rút ngắn thời gian xử lý thủ tục hành chính, nâng cao hiệu quả sử dụng ngân sách và tăng tính linh hoạt trong hoạt động sửa chữa, cải tạo cơ sở y tế.

Ngoài yếu tố thủ tục, thông tư còn hướng đến việc nâng cao trách nhiệm của đơn vị được phân cấp trong quá trình lập dự toán, tổ chức thi công, nghiệm thu và quyết toán công trình. Điều này đặc biệt quan trọng đối với các công trình sử dụng vốn nhà nước hoặc chi thường xuyên trong ngành y tế.

Đối tượng áp dụng theo Thông tư 09/2026/TT-BYT

Thông tư 09/2026/TT-BYT áp dụng đối với các tổ chức, đơn vị thuộc phạm vi quản lý của Bộ Y tế như bệnh viện công lập, viện nghiên cứu, trường đại học y dược và các đơn vị sự nghiệp y tế trực thuộc.

Đây là nhóm đơn vị thường xuyên triển khai các công trình sửa chữa, cải tạo hoặc nâng cấp hạ tầng kỹ thuật nên yêu cầu về hồ sơ pháp lý, quyết toán công trình và kiểm toán xây dựng luôn được kiểm soát khá chặt chẽ.

Phạm vi điều chỉnh của Thông tư 09/2026/TT-BYT

Thông tư 09/2026/TT-BYT điều chỉnh các nhiệm vụ sửa chữa, cải tạo, nâng cấp, mở rộng và xây dựng mới hạng mục công trình trong các dự án đã đầu tư xây dựng thuộc phạm vi quản lý của Bộ Y tế.

Quy định này không chỉ áp dụng với các dự án xây dựng mới mà còn bao gồm nhiều hoạt động cải tạo cơ sở vật chất đang diễn ra thường xuyên tại bệnh viện và đơn vị y tế công lập.

Các nhiệm vụ sửa chữa, cải tạo được áp dụng

Theo Thông tư 09/2026/TT-BYT, các nhiệm vụ thuộc phạm vi áp dụng bao gồm sửa chữa công trình, cải tạo khu chức năng, nâng cấp hệ thống kỹ thuật, mở rộng hạng mục sử dụng và xây dựng mới các hạng mục phụ trợ trong dự án đã đầu tư xây dựng.

Trong thực tế, các bệnh viện thường phát sinh nhu cầu cải tạo khu điều trị, nâng cấp hệ thống điện, sửa chữa khoa khám bệnh hoặc mở rộng khu xét nghiệm. Những công trình này tuy không phải dự án đầu tư hoàn toàn mới nhưng vẫn thuộc nhóm phải thực hiện quyết toán công trình và kiểm toán xây dựng theo quy định.

Công trình y tế nào thuộc phạm vi quản lý?

Các công trình thuộc phạm vi quản lý của Bộ Y tế bao gồm hệ thống bệnh viện trực thuộc Bộ, cơ sở nghiên cứu y học, trường đào tạo y dược và nhiều đơn vị sự nghiệp công lập khác.

Đối với nhóm công trình sử dụng ngân sách nhà nước, việc kiểm soát hồ sơ pháp lý và quyết toán công trình ngày càng được siết chặt nhằm hạn chế thất thoát ngân sách và tăng hiệu quả quản lý đầu tư công.

Quy định phân cấp trong Thông tư 09/2026/TT-BYT

Một trong những điểm đáng chú ý nhất của Thông tư 09/2026/TT-BYT là cơ chế phân cấp thẩm quyền phê duyệt báo cáo kinh tế – kỹ thuật đầu tư xây dựng cho các đơn vị trực thuộc Bộ Y tế.

Mức dự toán được phân cấp phê duyệt

Theo quy định tại Thông tư 09/2026/TT-BYT, thủ trưởng các tổ chức, đơn vị thuộc phạm vi quản lý của Bộ Y tế được quyền phê duyệt báo cáo kinh tế – kỹ thuật đầu tư xây dựng đối với công trình có dự toán từ 500 triệu đồng đến 20 tỷ đồng, không bao gồm chi phí bồi thường giải phóng mặt bằng và tiền sử dụng đất.

Quy định này giúp giảm đáng kể thời gian trình duyệt và tạo điều kiện để các đơn vị chủ động xử lý nhanh các nhu cầu sửa chữa hoặc nâng cấp cơ sở vật chất.

Ai có thẩm quyền phê duyệt báo cáo kinh tế – kỹ thuật?

Thẩm quyền phê duyệt được giao cho thủ trưởng các tổ chức, đơn vị thuộc phạm vi quản lý của Bộ Y tế. Tuy nhiên, việc phân cấp đi kèm với trách nhiệm pháp lý rất rõ ràng.

Các đơn vị được phân cấp phải bảo đảm thực hiện đúng trình tự, thủ tục và quy định pháp luật liên quan đến đầu tư xây dựng, quản lý chi phí và quyết toán công trình. Nếu hồ sơ phát sinh sai phạm hoặc thất thoát ngân sách, người đứng đầu đơn vị vẫn phải chịu trách nhiệm trực tiếp.

Ý nghĩa của việc phân cấp trong quản lý đầu tư xây dựng

Việc phân cấp theo Thông tư 09/2026/TT-BYT giúp tăng tính chủ động cho đơn vị quản lý công trình, đặc biệt trong các trường hợp sửa chữa khẩn cấp hoặc cải tạo cơ sở hạ tầng phục vụ khám chữa bệnh.

Tuy nhiên, khi quyền phê duyệt được mở rộng, yêu cầu về kiểm soát hồ sơ và minh bạch chi phí cũng trở nên quan trọng hơn. Đây là lý do hoạt động kiểm toán xây dựng ngày càng đóng vai trò lớn trong quá trình quyết toán công trình y tế.

Trong thực tế, nhiều đơn vị lựa chọn phối hợp với các đơn vị tư vấn chuyên sâu như MAN – Master Accountant Network để rà soát hồ sơ chi phí, kiểm tra khối lượng và hạn chế rủi ro trước khi trình quyết toán chính thức.

Quyết toán công trình theo Thông tư 09/2026/TT-BYT

Ngoài quy định về phân cấp phê duyệt, Thông tư 09/2026/TT-BYT còn đề cập trực tiếp đến việc phê duyệt quyết toán dự án hoàn thành sử dụng chi thường xuyên sau khi công trình hoàn thành.

Đây là giai đoạn quan trọng nhằm xác nhận tính hợp pháp của toàn bộ chi phí đầu tư và là căn cứ để cơ quan quản lý kiểm tra việc sử dụng ngân sách nhà nước.

Hồ sơ quyết toán công trình gồm những gì?

Một bộ hồ sơ quyết toán công trình thường bao gồm quyết định phê duyệt dự toán, hợp đồng thi công, hồ sơ nghiệm thu, bảng xác nhận khối lượng, chứng từ thanh toán, hồ sơ hoàn công và các tài liệu liên quan khác. Đối với các công trình có yêu cầu rà soát độc lập, hồ sơ kiểm toán xây dựng cũng là tài liệu quan trọng trước khi trình phê duyệt quyết toán.

Trước khi theo dõi bảng dưới đây, cần hiểu rằng việc thiếu hồ sơ hoặc sai lệch khối lượng là nguyên nhân phổ biến khiến quá trình quyết toán công trình bị kéo dài.

Có thể thấy, hồ sơ quyết toán công trình không chỉ là thủ tục kế toán mà còn là căn cứ pháp lý để kiểm tra tính minh bạch và hiệu quả sử dụng vốn đầu tư công.

Vai trò của kiểm toán xây dựng trong quyết toán

Khi cơ chế phân cấp theo Thông tư 09/2026/TT-BYT được mở rộng, hoạt động kiểm toán xây dựng trở thành bước quan trọng nhằm giảm thiểu rủi ro tài chính và pháp lý cho chủ đầu tư.

Kiểm toán xây dựng giúp rà soát khối lượng thi công, kiểm tra tính hợp lệ của chi phí, đối chiếu hồ sơ thanh toán và đánh giá mức độ tuân thủ quy định pháp luật. Đây cũng là giải pháp giúp nhiều đơn vị hạn chế tình trạng bị xuất toán hoặc phải điều chỉnh hồ sơ quyết toán nhiều lần.

Những rủi ro thường gặp khi quyết toán công trình

Trong thực tế, nhiều hồ sơ quyết toán công trình bị kéo dài do sai lệch khối lượng, thiếu biên bản nghiệm thu hoặc chưa đồng nhất giữa hồ sơ hoàn công và hồ sơ thanh toán.

Đối với công trình sửa chữa trong bệnh viện, việc vừa thi công vừa duy trì hoạt động khám chữa bệnh cũng khiến công tác quản lý hồ sơ trở nên phức tạp hơn. Đây là lý do nhiều đơn vị hiện nay ưu tiên thực hiện kiểm toán xây dựng ngay từ giai đoạn nghiệm thu thay vì chờ đến cuối dự án.

MAN – Master Accountant Network cũng ghi nhận nhiều trường hợp hồ sơ bị yêu cầu điều chỉnh nhiều lần do thiếu kiểm soát chi phí ngay từ đầu, đặc biệt với các công trình cải tạo phát sinh thay đổi trong quá trình thi công.

Những điểm cần lưu ý khi áp dụng Thông tư 09/2026/TT-BYT

Thông tư 09/2026/TT-BYT có hiệu lực từ ngày 29/6/2026. Đối với các báo cáo kinh tế – kỹ thuật đã được phê duyệt trước thời điểm thông tư có hiệu lực thì việc điều chỉnh báo cáo và phê duyệt quyết toán dự án hoàn thành vẫn được thực hiện theo quy định tại thông tư này.

Đây là quy định chuyển tiếp quan trọng vì ảnh hưởng trực tiếp đến các dự án đang triển khai dở dang trong hệ thống y tế công lập.

Quy định chuyển tiếp đối với dự án đã phê duyệt

Các dự án đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt trước thời điểm Thông tư 09/2026/TT-BYT có hiệu lực vẫn áp dụng quy định mới đối với nội dung điều chỉnh báo cáo kinh tế – kỹ thuật và phê duyệt quyết toán công trình hoàn thành.

Điều này giúp đồng bộ quy trình quản lý và tránh phát sinh chồng chéo giữa quy định cũ và mới.

Khi nào cần kiểm toán xây dựng độc lập?

Không phải mọi công trình đều bắt buộc kiểm toán xây dựng độc lập. Tuy nhiên, đối với các công trình có giá trị lớn, phát sinh nhiều hạng mục hoặc có thay đổi thiết kế trong quá trình thi công, việc kiểm toán sớm sẽ giúp giảm đáng kể rủi ro khi quyết toán.

Ngoài yếu tố tài chính, kiểm toán xây dựng còn hỗ trợ chủ đầu tư kiểm tra tính đầy đủ của hồ sơ pháp lý và hạn chế các vấn đề phát sinh khi thanh tra hoặc hậu kiểm.

Câu hỏi thường gặp về Thông tư 09/2026/TT-BYT

Thông tư 09/2026/TT-BYT quy định nội dung gì?

Thông tư 09/2026/TT-BYT quy định việc phân cấp thẩm quyền phê duyệt báo cáo kinh tế - kỹ thuật và quyết toán dự án hoàn thành đối với các công trình sửa chữa, cải tạo và xây dựng trong ngành y tế.

Thông tư 09/2026/TT-BYT có hiệu lực từ ngày nào?

Thông tư 09/2026/TT-BYT có hiệu lực thi hành từ ngày 29/6/2026.

Đơn vị nào được phân cấp phê duyệt theo Thông tư 09/2026/TT-BYT?

Thủ trưởng các tổ chức, đơn vị thuộc phạm vi quản lý của Bộ Y tế được phân cấp phê duyệt báo cáo kinh tế - kỹ thuật đối với công trình từ 500 triệu đồng đến 20 tỷ đồng.

Quyết toán công trình y tế có cần kiểm toán xây dựng không?

Không phải mọi công trình đều bắt buộc kiểm toán xây dựng, nhưng kiểm toán giúp rà soát chi phí, giảm rủi ro sai sót và hỗ trợ phê duyệt quyết toán thuận lợi hơn.

Hồ sơ quyết toán công trình theo Thông tư 09/2026/TT-BYT gồm những gì?

Hồ sơ thường bao gồm quyết định phê duyệt, hợp đồng, hồ sơ nghiệm thu, chứng từ thanh toán, bản vẽ hoàn công và báo cáo kiểm toán xây dựng nếu có.

Kết luận

Thông tư 09/2026/TT-BYT là bước điều chỉnh quan trọng trong cơ chế quản lý đầu tư xây dựng của ngành y tế khi mở rộng phân cấp thẩm quyền phê duyệt và quyết toán công trình cho các đơn vị trực thuộc Bộ Y tế. Quy định này giúp tăng tính chủ động trong triển khai dự án nhưng đồng thời cũng đặt ra yêu cầu cao hơn về kiểm soát hồ sơ, quản lý chi phí và trách nhiệm pháp lý của chủ đầu tư.

Trong bối cảnh hoạt động hậu kiểm ngày càng được siết chặt, việc chuẩn hóa hồ sơ và thực hiện kiểm toán xây dựng ngay từ đầu sẽ giúp các đơn vị giảm thiểu rủi ro khi quyết toán công trình, đồng thời bảo đảm tính minh bạch và hiệu quả sử dụng ngân sách nhà nước.