Thời hạn quyết toán dự án hoàn thành là mối quan tâm trực tiếp của mọi chủ đầu tư, ban quản lý dự án và nhà thầu sử dụng vốn đầu tư công, bởi mỗi khâu chậm trễ đều đẩy công trình vào tình trạng nợ đọng quyết toán và rủi ro bị công khai vi phạm. Từ ngày 26 tháng 9 năm 2025, Nghị định 254/2025/NĐ-CP có hiệu lực, kế tiếp Nghị định 99/2021/NĐ-CP, và bảng thời gian tối đa cho từng nhóm dự án có một thay đổi mà khá nhiều đơn vị đang hiểu ngược. Phần nội dung sau phân tích cụ thể các mốc thời hạn, cách tính từng khâu, và cách xác định dự án của bạn thuộc nghị định nào để tránh áp sai quy định.

Thời hạn quyết toán dự án hoàn thành gồm những khâu nào

Thời hạn quyết toán dự án hoàn thành gồm ba khâu nối tiếp theo Điều 46 Nghị định 254/2025/NĐ-CP: thời gian chủ đầu tư lập và nộp hồ sơ quyết toán, thời gian thẩm tra quyết toán, và thời gian phê duyệt quyết toán. Mỗi khâu có mức tối đa riêng theo nhóm dự án quan trọng quốc gia, nhóm A, nhóm B hoặc nhóm C.

Cần phân biệt rõ quyết toán vốn đầu tư dự án hoàn thành với quyết toán vốn đầu tư công theo niên độ. Quyết toán theo niên độ là báo cáo theo năm ngân sách, còn quyết toán dự án hoàn thành là quyết toán toàn bộ chi phí đầu tư khi công trình được nghiệm thu, bàn giao đưa vào sử dụng hoặc khi dự án dừng thực hiện. Ba khâu nêu trên cấu thành trọn vòng đời của hồ sơ quyết toán dự án hoàn thành, và mỗi khâu do một chủ thể khác nhau chịu trách nhiệm về thời gian: chủ đầu tư ở khâu lập hồ sơ, cơ quan chủ trì thẩm tra ở khâu thẩm tra, và người có thẩm quyền ở khâu phê duyệt.

Bảng thời hạn quyết toán dự án hoàn thành theo Nghị định 254/2025

Theo Điều 46 Nghị định 254/2025/NĐ-CP, thời gian tối đa cho ba khâu quyết toán được ấn định theo bốn nhóm dự án. Khâu lập hồ sơ dao động từ 04 đến 09 tháng, khâu thẩm tra từ 04 đến 08 tháng, và khâu phê duyệt từ 15 ngày đến 01 tháng tùy nhóm. Đây là các mốc tối đa, không phải thời gian bắt buộc phải sử dụng hết.

Bảng dưới đây tổng hợp toàn bộ mức thời gian tối đa đang áp dụng:

Đặc điểm dễ nhận thấy là dự án càng lớn thì thời hạn càng dài, phản ánh khối lượng hồ sơ và mức độ phức tạp khi quyết toán. Ba tiểu mục tiếp theo làm rõ mốc bắt đầu và kết thúc của từng khâu, bởi đây chính là chỗ dễ tính sai nhất trong thực tế.

Thời gian chủ đầu tư lập hồ sơ quyết toán

Đây là khâu dài nhất, tối đa 09 tháng với dự án quan trọng quốc gia và nhóm A, 06 tháng với nhóm B và 04 tháng với nhóm C. Theo khoản 1 Điều 46 Nghị định 254/2025/NĐ-CP, thời gian này tính từ ngày ký biên bản nghiệm thu hoàn thành, bàn giao đưa vào khai thác sử dụng đến ngày chủ đầu tư nộp đủ hồ sơ cho cơ quan chủ trì thẩm tra.

Với dự án bị dừng, ngừng, tạm ngừng, hủy bỏ hoặc chấm dứt, mốc bắt đầu được tính từ ngày có hiệu lực của văn bản cho phép dừng thực hiện dự án. Điểm cần lưu ý trong quản trị tiến độ là khâu này phụ thuộc nặng vào việc nhà thầu hoàn tất quyết toán chi phí theo hợp đồng xây dựng đúng hạn; nếu một gói thầu chậm nộp hồ sơ quyết toán, toàn bộ mốc lập hồ sơ của chủ đầu tư bị kéo theo.

Thời gian thẩm tra quyết toán

Thời gian thẩm tra quyết toán tối đa là 08 tháng với dự án quan trọng quốc gia và nhóm A, 05 tháng với nhóm B và 04 tháng với nhóm C. Mốc này tính từ ngày cơ quan chủ trì thẩm tra nhận đủ hồ sơ quyết toán hợp lệ đến ngày trình người có thẩm quyền phê duyệt, theo khoản 2 Điều 46 Nghị định 254/2025/NĐ-CP.

Chữ “đủ hồ sơ” mang tính quyết định. Đồng hồ thẩm tra chỉ chạy khi bộ hồ sơ được tiếp nhận đầy đủ theo quy định, nên một hồ sơ thiếu biên bản nghiệm thu khối lượng, thiếu bản vẽ hoàn công hay thiếu chứng từ thanh toán sẽ không làm phát sinh thời hạn thẩm tra, dù chủ đầu tư đã gửi văn bản. Đây cũng là nhóm mốc mà Nghị định 254/2025 điều chỉnh so với quy định cũ, sẽ được phân tích ở phần so sánh.

Thời gian phê duyệt quyết toán

Khâu phê duyệt có thời hạn ngắn nhất: 01 tháng với dự án quan trọng quốc gia và nhóm A, 20 ngày với nhóm B và 15 ngày với nhóm C. Theo khoản 3 Điều 46 Nghị định 254/2025/NĐ-CP, thời gian này tính từ ngày người có thẩm quyền nhận đủ hồ sơ trình duyệt quyết toán đến ngày ban hành quyết định phê duyệt quyết toán vốn đầu tư dự án hoàn thành.

Do nhóm B và nhóm C tính theo đơn vị ngày thay vì tháng, mọi chậm trễ nhỏ ở khâu trình hồ sơ đều tác động rõ đến khả năng đúng hạn. Trên thực tế, phần lớn thời gian của cả chu trình nằm ở hai khâu đầu, nên kiểm soát tốt tiến độ lập và thẩm tra là điều kiện để khâu phê duyệt diễn ra suôn sẻ trong khung ngày hẹp này.

So sánh thời hạn quyết toán giữa Nghị định 254/2025 và 99/2021

Trái với cách hiểu phổ biến rằng Nghị định 254/2025 rút ngắn toàn bộ thời hạn, đối chiếu trực tiếp cho thấy Nghị định 254/2025/NĐ-CP giữ nguyên thời gian lập hồ sơ và phê duyệt, và chỉ kéo dài thời gian thẩm tra của hai nhóm dự án: nhóm B tăng từ 04 lên 05 tháng, nhóm C tăng từ 03 lên 04 tháng so với Điều 47 Nghị định 99/2021/NĐ-CP.

Khác biệt duy nhất nằm ở khâu thẩm tra, thể hiện trong bảng sau:

Với dự án quan trọng quốc gia và nhóm A, thời gian thẩm tra vẫn là 08 tháng ở cả hai nghị định. Thời gian chủ đầu tư lập hồ sơ giữ nguyên mức 09, 09, 06 và 04 tháng; thời gian phê duyệt giữ nguyên 01 tháng, 01 tháng, 20 ngày và 15 ngày. Nói cách khác, Nghị định 254/2025 nới thêm dư địa thẩm tra cho các dự án nhóm B và nhóm C, vốn là nhóm chiếm số lượng lớn và thường quá tải ở cấp thẩm tra địa phương, chứ không siết chặt như nhiều bản tin tóm tắt đề cập. Hiểu đúng chi tiết này giúp ban quản lý dự án lập kế hoạch quyết toán sát thực tế thay vì đặt mục tiêu thẩm tra ngắn hơn mức luật cho phép.

Dự án của bạn áp dụng Nghị định 254/2025 hay 99/2021

Nghị định 254/2025/NĐ-CP có hiệu lực kể từ ngày ký ban hành, tức ngày 26 tháng 9 năm 2025. Theo khoản 3 Điều 55 của nghị định này, dự án đã nộp hồ sơ quyết toán về cơ quan chủ trì thẩm tra và các hợp đồng kiểm toán độc lập đã ký trước thời điểm nghị định có hiệu lực thì tiếp tục thực hiện theo Nghị định 99/2021/NĐ-CP.

Từ đó có thể xác định ba trường hợp trong thực tiễn. Thứ nhất, nếu chủ đầu tư đã nộp hồ sơ quyết toán về cơ quan chủ trì thẩm tra trước ngày 26 tháng 9 năm 2025, phần thẩm tra và phê duyệt của dự án tiếp tục áp dụng Nghị định 99/2021, bao gồm cả mức thẩm tra 04 tháng cho nhóm B và 03 tháng cho nhóm C. Thứ hai, nếu hợp đồng kiểm toán độc lập đã ký trước mốc này, việc kiểm toán báo cáo quyết toán vẫn theo quy định cũ. Thứ ba, các dự án hoàn thành hoặc dừng thực hiện và bắt đầu lập, nộp hồ sơ quyết toán từ ngày 26 tháng 9 năm 2025 trở đi thì áp dụng trọn vẹn Nghị định 254/2025.

Một ví dụ thường gặp: công trình nhóm C được nghiệm thu, bàn giao trong tháng 8 năm 2025 và chủ đầu tư ký hợp đồng kiểm toán độc lập ngày 20 tháng 9 năm 2025. Vì hợp đồng kiểm toán ký trước ngày hiệu lực, phần kiểm toán báo cáo quyết toán của dự án này thực hiện theo Nghị định 99/2021, thay vì mặc định áp dụng nghị định mới. Xác định đúng điều khoản chuyển tiếp ngay từ đầu giúp tránh tranh cãi về mốc thời hạn khi hồ sơ được đưa ra thẩm tra.

Quy trình quyết toán dự án hoàn thành

Ba khâu thời hạn nêu trên gắn với một trình tự thống nhất: chủ đầu tư lập và nộp hồ sơ quyết toán, kiểm toán báo cáo quyết toán đối với dự án thuộc diện bắt buộc, cơ quan chủ trì thẩm tra tiến hành thẩm tra, và người có thẩm quyền ban hành quyết định phê duyệt. Theo Nghị định 254/2025/NĐ-CP, dự án quan trọng quốc gia và dự án nhóm A sử dụng vốn đầu tư công khi hoàn thành phải kiểm toán báo cáo quyết toán trước khi trình thẩm tra, phê duyệt, trừ dự án thuộc danh mục bí mật nhà nước; các dự án còn lại do người có thẩm quyền quyết định phê duyệt đầu tư xem xét, quyết định việc đấu thầu kiểm toán độc lập.

Trong thực tiễn triển khai của MAN – Master Accountant Network, chất lượng khâu kiểm toán báo cáo quyết toán quyết định phần lớn tốc độ thẩm tra phía sau, bởi một báo cáo kiểm toán rõ ràng về giá trị đề nghị quyết toán và các khoản đề nghị loại trừ sẽ rút ngắn đáng kể thời gian rà soát của cơ quan thẩm tra. Chi tiết phạm vi công việc được trình bày trong dịch vụ thẩm tra quyết toán vốn đầu tư dự án hoàn thành, còn hệ thống biểu mẫu đi kèm hồ sơ tham khảo tại bài mẫu biểu quyết toán vốn đầu tư dự án.

Lỗi và hiểu nhầm thường gặp về thời hạn quyết toán

Sai sót phổ biến nhất là xác định nhầm mốc bắt đầu của khâu lập hồ sơ. Không ít ban quản lý dự án lấy ngày phê duyệt quyết toán hợp đồng cuối cùng hoặc ngày xuất hóa đơn sau cùng làm điểm khởi tính, trong khi quy định neo vào ngày ký biên bản nghiệm thu hoàn thành, bàn giao đưa vào sử dụng. Sai lệch này khiến dự án tưởng còn thời gian nhưng thực chất đã quá hạn.

Hiểu nhầm thứ hai đến từ các bản tin cho rằng Nghị định 254/2025 rút ngắn mọi thời hạn. Như phần so sánh đã chỉ ra, chỉ khâu thẩm tra của nhóm B và nhóm C được nới thêm một tháng, còn lại giữ nguyên. Đặt kế hoạch thẩm tra ngắn hơn mức luật cho phép chỉ tạo áp lực không cần thiết cho cơ quan thẩm tra.

Nhóm lỗi thứ ba liên quan tới điều khoản chuyển tiếp: áp mặc định nghị định mới cho dự án đã nộp hồ sơ hoặc đã ký hợp đồng kiểm toán trước ngày 26 tháng 9 năm 2025. Cuối cùng, nhiều đơn vị cho rằng thời gian thẩm tra chạy ngay khi gửi công văn, trong khi mốc này chỉ bắt đầu khi hồ sơ được tiếp nhận đầy đủ và hợp lệ, nên hồ sơ thiếu chứng từ sẽ âm thầm làm mất thời gian mà không được tính vào thời hạn thẩm tra.

Hệ quả khi vi phạm thời hạn quyết toán dự án hoàn thành

Chậm lập và nộp hồ sơ quyết toán không chỉ kéo dài nợ đọng quyết toán mà còn dẫn tới chế tài hành chính. Theo Nghị định 254/2025/NĐ-CP, cơ quan quản lý công khai danh sách các dự án do chủ đầu tư, ban quản lý dự án vi phạm thời gian lập báo cáo quyết toán và xử lý nghiêm tập thể, cá nhân vi phạm theo quy định.

Ngoài rủi ro bị nêu tên, nợ đọng quyết toán còn ảnh hưởng tới việc bố trí, thanh toán vốn cho các giai đoạn sau và làm treo nghĩa vụ quyết toán hợp đồng của các nhà thầu tham gia. Vì vậy, việc theo dõi thời hạn quyết toán dự án hoàn thành ngay từ ngày nghiệm thu, thay vì để dồn về cuối, là cách kiểm soát rủi ro hiệu quả nhất đối với chủ đầu tư và tổng thầu. Với các dự án có giá trị lớn hoặc nhiều gói thầu, việc rà soát sớm điều kiện bắt buộc kiểm toán và kiểm soát chi phí đầu tư xây dựng ngay trong quá trình thi công cũng giúp chủ động tiến độ quyết toán.

Kết luận

Thời hạn quyết toán dự án hoàn thành theo Nghị định 254/2025 vận hành qua ba khâu lập hồ sơ, thẩm tra và phê duyệt, với mức tối đa phân theo nhóm dự án quan trọng quốc gia, A, B và C. Điểm thay đổi thực chất so với Nghị định 99/2021 chỉ nằm ở khâu thẩm tra của nhóm B và nhóm C, mỗi nhóm được nới thêm một tháng, trong khi các mốc còn lại giữ nguyên. Việc xác định đúng mốc bắt đầu của từng khâu và áp dụng đúng điều khoản chuyển tiếp theo mốc ngày 26 tháng 9 năm 2025 là hai yếu tố quyết định để hồ sơ quyết toán đúng hạn và tránh bị công khai vi phạm.

Căn cứ pháp lý và nguồn tham khảo: Nghị định 254/2025/NĐ-CP trên Cổng Thông tin điện tử Chính phủ; toàn văn Nghị định 254/2025/NĐ-CP trên Thư viện Pháp luật.

Câu hỏi thường gặp

Dự án bị dừng thực hiện thì thời gian lập hồ sơ quyết toán tính từ khi nào?

Theo khoản 1 Điều 46 Nghị định 254/2025/NĐ-CP, với dự án dừng, ngừng, tạm ngừng, hủy bỏ hoặc chấm dứt, thời gian lập hồ sơ quyết toán tính từ ngày có hiệu lực của văn bản cho phép dừng thực hiện dự án đến ngày chủ đầu tư nộp đủ hồ sơ cho cơ quan chủ trì thẩm tra.

Dự án nhóm C có bắt buộc thuê kiểm toán độc lập báo cáo quyết toán không?

Không bắt buộc theo mặc định. Nghị định 254/2025/NĐ-CP chỉ yêu cầu dự án quan trọng quốc gia và nhóm A phải kiểm toán báo cáo quyết toán trước khi thẩm tra, phê duyệt; với dự án nhóm C, người có thẩm quyền quyết định phê duyệt đầu tư xem xét, quyết định việc đấu thầu kiểm toán độc lập.