Chứng chỉ hành nghề: Kiểm toán viên CPA Việt Nam
Kinh nghiệm: Hơn 30 năm trong lĩnh vực Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính
Cổng thông tin điện tử Bộ Tài chính ngày 15/08/2026 đã đưa ra phản hồi chính thức hướng dẫn việc xử lý thuế GTGT được khấu trừ trong quyết toán dự án theo Nghị định số 193/2026/NĐ-CP. Phản hồi này giúp các chủ đầu tư, ban quản lý dự án và kế toán doanh nghiệp làm rõ việc xác định giá trị vốn đầu tư đề nghị quyết toán trên Biểu mẫu số 01/QTDA. Theo đó, phần thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện khấu trừ hoặc được hoàn không thuộc chi phí vốn đầu tư được quyết toán của dự án.
Bộ Tài chính hướng dẫn xử lý thuế GTGT trong quyết toán dự án
Khoản thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện khấu trừ hoặc được hoàn không thuộc chi phí vốn đầu tư được quyết toán của dự án theo quy định tại Nghị định số 193/2026/NĐ-CP. Do Biểu mẫu số 01/QTDA không quy định chỉ tiêu riêng để phản ánh số thuế GTGT được khấu trừ, chủ đầu tư khi lập quy trình quyết toán vốn đầu tư xây dựng cần xác định giá trị vốn đầu tư đề nghị quyết toán không bao gồm chi phí phần thuế GTGT này.
Căn cứ pháp lý được Bộ Tài chính tổng hợp và giải đáp bao gồm các văn bản sau:
- Điều 4 Nghị định số 193/2026/NĐ-CP: Vốn đầu tư được quyết toán là toàn bộ chi phí hợp pháp đã thực hiện trong quá trình đầu tư để đưa dự án vào khai thác, sử dụng hoặc dừng thực hiện theo văn bản cho phép của người có thẩm quyền.
- Khoản 2 Điều 3 Nghị định số 193/2026/NĐ-CP: Chi phí hợp pháp là toàn bộ các khoản chi phí đã thực hiện trong phạm vi dự án, dự toán được duyệt và hợp đồng đã ký kết phù hợp với quy định của pháp luật.
- Khoản 2 Điều 9 Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 và Điều 14 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15: Số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ mới được tính vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN hoặc tính vào nguyên giá tài sản cố định (trừ trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt).
Theo các quy định trên, trường hợp khoản thuế GTGT đã được Nhà nước hoàn lại bằng tiền hoặc được khấu trừ qua thuế GTGT đầu ra thì không được tính vào giá trị tài sản cố định, chi phí đầu tư hay chi phí được trừ khi tính thuế TNDN.
Tại Biểu mẫu số 01/QTDA ban hành kèm theo Nghị định số 193/2026/NĐ-CP không quy định chỉ tiêu riêng để phản ánh số thuế GTGT được khấu trừ. Vì vậy, khi lập báo cáo quyết toán, chủ đầu tư xác định giá trị vốn đầu tư đề nghị quyết toán không bao gồm chi phí phần thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện khấu trừ hoặc được hoàn theo quy định của pháp luật về thuế.
Vướng mắc thực tế khi thể hiện trên Mẫu 01/QTDA
Vướng mắc thực tế của các doanh nghiệp xuất phát từ sự khác biệt giữa quy định xác định chi phí trong giai đoạn đầu tư và quy định lập báo cáo quyết toán vốn đầu tư hoàn thành.
Theo quy định về quản lý chi phí đầu tư xây dựng tại Nghị định 206/2026/NĐ-CP, thuế GTGT là một thành phần trong chi phí xây dựng được xác định trong dự toán công trình; chi phí tư vấn xây dựng cũng được xác định theo quy định tương ứng. Hồ sơ thanh toán khối lượng hoàn thành theo hợp đồng giữa các bên thường bao gồm giá trị thuế GTGT đối với công tác quyết toán công trình và hợp đồng.
Để giúp doanh nghiệp dễ hình dung sự khác biệt về bản chất chi phí giữa các giai đoạn, dưới đây là bảng tổng hợp đối chiếu chi tiết:
| Tiêu chí đối chiếu | Giai đoạn Đầu tư và Thanh toán (Nghị định 206/2026/NĐ-CP) | Giai đoạn Quyết toán dự án (Nghị định 193/2026/NĐ-CP) |
|---|---|---|
| Xác định thuế GTGT | Thuế GTGT là một thành phần cấu thành trong dự toán và giá trị hợp đồng ký kết. | Khoản thuế GTGT đủ điều kiện khấu trừ/hoàn không thuộc chi phí vốn đầu tư được quyết toán. |
| Trình bày trên biểu mẫu | Hóa đơn, chứng từ thanh toán khối lượng thể hiện đầy đủ giá trị chưa thuế và tiền thuế GTGT. | Mẫu 01/QTDA không quy định chỉ tiêu riêng để phản ánh số thuế GTGT được khấu trừ. |
| Nguyên tắc ghi nhận | Ghi nhận theo tổng giá trị thanh toán bao gồm tiền thuế theo thỏa thuận hợp đồng. | Giá trị đề nghị quyết toán chỉ ghi nhận phần chi phí thuần (loại bỏ phần thuế GTGT được khấu trừ/hoàn). |
Sự khác biệt về hình thức trình bày trên mẫu báo cáo quyết toán và kiểm toán xây dựng khiến cán bộ quản lý dự án và kế toán gặp khó khăn trong việc đối chiếu giữa tổng giá trị ghi trên hợp đồng, hóa đơn thanh toán với giá trị chi phí ghi nhận vào báo cáo quyết toán.
Khuyến nghị nghiệp vụ và lưu ý thực hành từ MAN
Đội ngũ chuyên gia từ dịch vụ kiểm toán dự án xây dựng tại MAN – Master Accountant Network đưa ra một số gợi ý xử lý kỹ thuật giúp các chủ đầu tư và kế toán dự án thực hiện trơn tru quá trình lập hồ sơ quyết toán như sau:
- Xác định giá trị đề nghị quyết toán không bao gồm thuế GTGT được khấu trừ: Do Mẫu 01/QTDA không có chỉ tiêu riêng cho khoản này, người lập báo cáo cần loại bỏ phần thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện khấu trừ hoặc được hoàn ra khỏi các khoản mục chi phí trước khi điền số liệu vào cột “Giá trị đề nghị quyết toán”.
- Lập Bảng giải trình/Phụ lục đính kèm (Khuyến nghị nghiệp vụ): Doanh nghiệp nên chủ động lập một phụ lục hoặc bảng giải trình chi tiết kèm theo báo cáo quyết toán để làm rõ căn cứ xác định số liệu theo công thức:
Giá trị đề nghị quyết toán = Giá trị Hợp đồng/Thanh toán (có GTGT) – Thuế GTGT được khấu trừ hoặc được hoàn
Việc này hỗ trợ cơ quan thẩm tra và đơn vị kiểm toán dễ dàng đối chiếu số liệu báo cáo với hợp đồng gốc, giảm thời gian giải trình phát sinh.
- Phòng ngừa rủi ro điều chỉnh chi phí khi thẩm tra: Trường hợp chủ đầu tư đưa toàn bộ chi phí bao gồm cả phần thuế GTGT đủ điều kiện khấu trừ vào giá trị đề nghị quyết toán, khoản tiền này có nguy cơ bị cơ quan thẩm tra hoặc kiểm toán xem xét loại bỏ khỏi giá trị vốn đầu tư được phê duyệt. Bên cạnh đó, việc hạch toán sai nguyên giá tài sản cố định có thể ảnh hưởng đến chi phí trích khấu hao và nghĩa vụ thuế TNDN liên quan.
Khuyến nghị cho doanh nghiệp
Chủ đầu tư và các đơn vị quản lý dự án cần chủ động rà soát toàn bộ hồ sơ quyết toán, phân loại chính xác phần thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện khấu trừ/hoàn thuế và phần thuế GTGT không được khấu trừ. Việc tuân thủ đúng nguyên tắc xác định chi phí theo hướng dẫn từ Bộ Tài chính sẽ đảm bảo tiến độ thẩm tra, phê duyệt quyết toán dự án.
